当时的实际情形是，四川总督观望不前，驻藏大臣有泰明确反对，凤全计划中的新军还远在康定编练，他身边只有一支百余人的卫队，自是孤掌难鸣。瞻对改土归流，事情没有真正着手，他就把动静闹得很大，未免有些操之过急了。
吴光耀《西藏改流本末纪》中说：“当是时，收瞻对改流议传遍草地，夷人咸愤怒，凤全不知变计。”
吴光耀清末时也在四川为官，曾任职于四川总督衙门，和凤全是同时代人。所著《西藏改流本末纪》，虽然态度趋于保守，但所记事实应该还是可信的。他说凤全“强抗开爽，能吏也。苦不学，好谑侮人”。意思是说，凤全性格强悍爽快，是个能干事的人。但学问和修养差，不尊重人。不尊重人这个缺点，到了藏区，加上他的大汉族主义思想，就更加膨胀。吴光耀记他“在巴塘亦以旱烟杆热窝击土司头，曰：‘此头在尔身能几时？’土司或受朝廷一品封红顶花翎，夷人之小君长也。大臣向务柔远人，恒以均礼。凤全独廷辱之，于是夷人益怨愤”。剑王朝小说
“明年正月春，夷人流言愈狂悖。”
他要垦地开矿，当地就传言，“夷人服事大皇帝数百年，大皇帝故爱厚夷人，何来钦差夺我矿地，夺我垦地？”
他在巴塘操演新军，当地又传言，“大皇帝兵何来洋装，是洋钦差，非大皇帝钦差”。
并公开扬言：“夷人当为大皇帝杀此人。”
巴塘丁林寺更提出，要他收回每寺只给三百名喇嘛名额等限制寺院的命令。
凤全自然不会听从。
于是，从1905年，巴塘乱发。三月，“丁林寺始抢垦场兵”，“杀法教士”。
丁林寺，是格鲁派在巴塘的最大寺院，时有僧人一千五百余人。
“四月二日，烧载石洞垦场，遂烧教堂。凤全居粮台……夷人三千余围攻粮台，枪石如雨，彻夜不绝。知县秦宗藩知事已不救，独出粮台开导，死之。参将吴以忠领炮队亦死之，卫队伤亡二十余。夷人伤亡百余。”
凤全退居正土司官寨，“使告夷人解散赦罪”。
凤全更不知道，巴塘正土司罗进宝和副土司，也怕他在巴塘的种种举措危及自身利益，见此情形，只是一味劝他离开巴塘。这时凤全身边只有一百多名兵丁，事变发生之前，他见巴塘局面一天坏过一天，就多次向四川总督和打箭炉催请调兵，但直到乱发，局面不可收拾，也未见一兵一卒前来增援。凤全见状，不得已只好答应离开巴塘。
四月五日，凤全一行动身离开。行至距巴塘五里处一个叫鹦哥嘴的地方，便中了早已设下的埋伏。“伏发，夷人隆本郎吉枪凤全中脑后，喇嘛阿泽就而戕之。取其顶珠翎管。巡检陈式钰、县丞王宜麟、赵潼、千总李胜贵卫队五十余人同时被戕”。
之后，又上演一番官场故事。
巴塘案发，清军近在打箭炉等地，凤全也曾请求援兵，但打箭炉同知刘廷恕因何按兵不动？这一件公案当时就莫衷一是，至今也各有说法。还有一则公案，凤全到巴塘，无以为居，便驻进粮台。当地粮员吴锡珍让出住房后，另择民房居住。所以事发之时，这位吴粮员匿身于寄住的藏民家中，没有陷入包围。这也是情理中事，没有什么不正常的地方。但事变之后，死去的凤全从生前颇有争议的人物摇身变为一个死于国事的英雄，吴锡珍作为巴塘乱后少数的幸存者，需要出来说明自己在事变中的表现。
大部分记巴塘事变的书都说，凤全临离巴塘前，吴锡珍推窗望见凤全正要离开土司官寨，便不顾房主劝阻，冲出房屋，拦住凤全的轿子痛哭劝阻，但凤全不听。于是吴锡珍要求随行护送，凤全见他衣冠不整，命他回去穿戴整齐，戴上官帽再来。等他收拾妥当后，凤全一行已经去远，而他又被用作乘骑的骡子踢伤，以致不能前往追赶。
这个故事中，凤全要粮员正了衣冠再一同上路一节，在一个英雄故事中正是一个动人的细节。所以，很少有人质疑，而是作为一个传奇故事中的生动细节一再被人重复提起。
但作为这个事件的见证者，吴光耀在《西藏改流本末纪》对此却有质疑。他说，“吴粮员实无土司官寨挽留之事”。根据是“予在营务处，见吴粮员报凤全死事，前后两禀歧异，皆极力摹写急迫不及救护之状”。
初禀曰：“跣一足，提一袜，造钦差之所居挽留，钦差令且著袜。”
后禀易为：“钦差所居，夷人攻毁，痛哭不得往见，派人为钦差请安。”并明言“前数日已为夷人隔绝，汉官不得往来相见。是时夷人巴塘劫杀，横暴市间，睚眦之怨不能免”。这是说，变乱一起，乱民横行，不但劫杀汉官，就是平常民间积累的仇怨，也在这时趁乱报复。这样的情形，吴粮台孤身一人，怎么可能跑到被乱民包围的钦差跟前？
吴光耀说：“吴粮员习气油滑见于文牍，非赴难之人也。”
中国社会，一个人要成就一番事业，干一番大事，往往得不到理解与支持，反而时时被吹毛求疵。但这个社会同时又极欢迎别人成为烈士，一旦成为烈士，又唯恐其人格不完美，愿意随时替这个传奇增添动人的细节。
于是，吴粮员送钦差的故事又有了完美版，从凤全要求吴粮员穿袜子变成要求他正衣冠。往事已矣，巴塘事件已经过去一百多年了，哪个故事最接近真实的情形呢？我已无力判断。但吴光耀所批评的现象，在今天却是愈演愈烈了：“近世公牍，上下相欺如此，未尝有长官诘责之者。”
不仅如此，染有凤全那种只求事功，藐视民众，藐视少数民族作风的，在各级政府官员，恐怕也不是官样文章中“少数人”一词可以指代的。
凤全死难，其在巴塘藏区尝试实施清末新政的举措彻底失败，朝廷收回瞻对的想法也随之流产。
清廷命新任驻藏帮办大臣联豫不再驻巴塘或察木多，仍到拉萨就任，这意味着朝廷已放弃了由驻藏帮办大臣在康巴一带垦殖练兵的打算。
此次巴塘事变中，乱民趁势烧毁天主教堂，杀死法国传教士牧守仁和苏列，此外打死打伤教民多人，并挖了此前死在巴塘的两位司铎的墓，弃遗骨于野外。在此前的1900年，当地人也杀过天主教堂的传教士，当地有史料说，“将法国神父捆在河西村木桩上，胸画黑圈，活靶射死”。有史料说，这是“巴塘人民在义和团反帝运动影响下，闻风而起”，这我就存疑了。
与此疑问相比，我想知道的是，此时逃亡在外的达赖喇嘛是否知道了巴塘事变的情况，他又作何反应。但查《第十三世达赖喇嘛年谱》，只说：“四月中，三次会见钦差大臣和库伦办事钦差大臣，交谈有关西藏苦乐安危等事，增进相互间友谊。”不知道“有关西藏苦乐安危事”是哪些事。这时中英间正在就西藏问题展开艰苦谈判，他自然会关心谈判的结果，这算是“安危事”。再者，在他逃亡路上，经驻藏大臣有泰上奏，清廷已革去了他达赖喇嘛的名号。这应是他的“苦乐事”之一，但他一直说，这是驻藏大臣的阴谋，不是朝廷的真实旨意。所以，他与皇上和皇太后派来的钦差大臣见面，对此事也定会谈及。而巴塘事变，与清政府正面冲突的主要力量是奉他为最高领袖的格鲁派寺院，对他，对西藏地方来说，就既是“安危”事，也是“苦乐”事。但年谱中既然未着一字，我也就不能妄加推测了。
凡操心“苦危安乐事”的人，心情都不会轻松。在外蒙古，达赖喇嘛还遇到了更不愉快的事情。外蒙古的格鲁派最大活佛哲布丹增巴，见宗教地位高于自己的达赖喇嘛久居不走，便一改当初热情欢迎的态度，时时显得倨傲无礼，这就让和自己同一教派的最高领袖感到不愉快了。《第十三世达赖喇嘛年谱》明确记载：“哲布丹增巴日渐不愉，逐步产生厌离之感，捣毁了达赖喇嘛法座，当着达赖喇嘛的面吸烟，做了各种有失体统的事情。”几个月后，达赖喇嘛就离开库伦，转往他处。
这也说明，即便是一个教派的最高领袖，身处同一教派中，实力不济时，其权威也会下降，甚至受到挑战。
如果说这时清政府已经衰弱不堪，但这个庞大帝国相对长期积弱的噶厦政府，还是具有相当强大的力量。所以，达赖喇嘛此时更为关注的还是清廷在藏区的种种举措。
瞻对，也是他关心的事务之一。
1906年，他在途中收到噶厦政府送来的“就条约本事的报告”，同时收到的还有“瞻对总管禀报的汉藏文信函”。达赖作出的指示是：“瞻对总管禀报之事，应根据时局变化，无遗漏地掌握基本事实，争取毫无过激，毫不推迟地逐步解决为要。”年谱文字没有涉及瞻对总管具体上报了什么内容，但达赖在瞻对问题上的态度却十分清楚，一面要求“毫无过激”，同时又要求“毫不推迟地逐步解决”。
应该说，即便事情到了这样的地步，川属藏区包括瞻对局面如何变化，主动权还是在清廷的手里。土司制度，成形于清朝，但在元明两朝已经发端。许多土司家族在被清朝册封前，作为地方豪强已在当地称雄多年，中央王朝死守陈规时，大体上可以彼此相安。但清末新政也影响到川属土司地区，改土归流的呼声高涨。于是，变与不变，自然就形成难以调和的冲突。
放到历史大势中考察，巴塘事变不像过去的瞻对之乱，可视为偶然的孤立事件，而是时势到达历史关口时的一种必然。
对于反对变化的一方，这是一次拼死反抗。而事变的发生，对于急欲图变强国的清廷来说，这种反抗正为变革治藏方略提供了更充足的理由和更大动力，刺激清廷下决心加大变革的步伐。以和平方式求变招致失败，就只剩下武力的手段。有清一代，几乎从无在藏区内部培植进步力量的任何举措——甚至意愿，其所求者只是这片疆域的臣服与平安。一旦有事，无非就是剿抚两手。剿，花钱。抚，也花钱，所谓花钱保平安。今天中国人喜欢说康乾盛世时中国疆域如何广大，但在所开拓的疆土上，不促进社会进步，没有新思想的萌生与发展，不在这些疆土上培养起码的国家认同，朝廷拿不出银子维稳时，这些广大疆域，往往便只剩下得而复失一条道路了。中国历朝历代，边界版图或大或小的变化，都和边疆民族的认同和背反息息相关。以藏区而论，今天中国领有的藏文化区疆域，较之康乾朝时，其实也已经缩小不少了。
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